В «Заповеднике для академиков» Андрей и Лидия Берестовы продолжают своё путешествие во времени, а центром сюжета становится судьба физика Матвея Шавло, с которым знакомится Лидия. Шавло может либо погибнуть, либо остаться в живых и создать ядерное оружие, которое впоследствии будет применено Советским Союзом в войне против Германии.